آن‌كه كمكى از جانب سلطان فرا رسد ، خود در پاكسازى بناى مسجد سعى دقيقى به عمل آوردند . چون قايتباى از اين واقعه آگاه شد ، مسأله را آن‌طور كه مهم بود ، جدّى و بزرگ خواند و نمايندهء خود را به نام امير سنقر جمالى همراه با معماران و آلات و اسباب ساختمانى و بودجهء كافى به سوى مدينه بسيج نمود و فرمان داد كه در تجديد بناى مسجد از هيچ امر و هزينه‌اى كوتاهى نورزند . سلطان اشرف قايتباى ، كه در سال‌هاى 872 تا 901 ه . ق . بر قلمرو مماليك حكمروايى مىكرد ، در اين راه به حدى كارگر ، استادكار ، وسايل و مصالح ساختمانى ارسال داشته بود كه مورّخان به تفاوت از وصف آن حكايات ، ارقام عجيبى را نقل كرده‌اند . . . گروه ياد شده ، منارهء « رئيسه » را تجديد بنا كردند و ديوارهاى مسجد را از اساس مرمّت نمودند . محراب عثمانى را توسعه بخشيدند و ستون‌ها را احيا كردند و سقف‌ها را به استحكام برافراشتند و گنبدى بر فراز محراب عثمان بنا نمودند و از اطراف با سه گنبد ديگر كه به « مجاريد » مشهور بودند ، زينت و استحكام بخشيدند . دو گنبد در مدخل باب‌السّلام برپا شد و نما سازى مسجد به نحو كامل صورت پذيرفت و آنچه كه از كتب و مصاحف سوخته بود ، از سرزمين‌هاى اسلامى جمع‌آورى و وقف مجدد مسجد كردند . اين اهتمام به محدودهء بناى مسجد محدود نبود . اطراف مسجد را با تأسيس رباط ، مدرسه ، آشپزخانه و راه‌سازى ، رونق بخشيدند . موقوفات زيادى ثبت و ضبط گرديد و با ارائهء امكانات شهرى و لغو باج و ماليات به رفاه حال اهل مدينه همّت گماشتند . اين تعميرات در سال 888 ه . ق . به پايان رسيد و سلطان قايتباى ، خود در سال 889 ه . ق . براى زيارت و ديدار بنا ، عازم مدينه گرديد . وى كتاب‌هاى ذىقيمتى را در موضوعات مختلف علوم اسلامى با خود آورد ؛ تا تقديم كتابخانهء مسجد النبى كند و همّتى و الا در خصوص خيرات و مبرّاتِ اهدايى به مسجد ، از خود نشان داد . سمهودى كه خود در همين ايام در مدينه به سر مىبرد ، مىنويسد :